保卫海疆战舰系统首先需要玩家们选择角色进入游戏主场景，此时战舰停驻海港内，战舰驾驶人员要根据屏幕界面提示和语音提示，驾驶潜艇，离开海港，前往目标海域巡航，完成战舰驾驶的学习部分。前进时一旦和海港周围的商船（根据提示要学会辨别商船标、敌方和友方舰船标志）相撞，战舰和商船将都会被迫停止运动，此时要根据提示或通过下潜来避开碰撞，继续前进。到达指定目标后，会发现一艘敌方的潜艇入侵我方海域，武器控制人员控制武器发射的视角，看到敌方潜艇时，使用控制的武器向潜艇进攻。至将潜艇击沉后，继续巡航。

在海面上巡航时，雷达观测手要密切注视雷达表的提示，预知敌方的位置和方向，报告给舰长。望远镜观察手要密切注视周围环境，观察是否有敌方战舰和潜艇，入侵我方海域，发现敌人时，判断敌人的方位，报告给舰长。战舰驾驶人员根据提示的信息，向敌方靠近，武器操作人员使用相应的武器向敌人进攻。

1. 玩家们按操作指示学习驾驶战舰（包括：前进、后退、转向）和武器使用（包括机枪、火炮、导弹和望远镜的使用等）；按照学会的驾驶方式，根据系统提示驾驶向指定位置巡查（包括：对一些商船等进行实施躲避和使用望远镜预测是否会和商船相撞）；

2．玩家到达指定目的位置，巡查时发现敌方潜艇。武器操作人员（包括机枪手、火炮手、导弹发射手）接收指令，向敌方潜艇济公。敌方潜艇发现玩家的时第一时间向其舰队汇报玩家位置信息，玩家击毁敌方潜艇会陷入敌人的包围圈。

3．在陷入包围圈时玩家可以选择使用当前所驶战舰独立战斗，或者前往游戏指定地点呼叫友军(电脑AI)的支援。玩家在躲避的同时向求援位置移动——当友军到达战场时，敌我的战斗力达到了相对的平衡；整个战场处于战火之中。